株式会社ダナフォーム


CAGE-seq受託解析 : 製品概要

CAGEライブラリー

CAGE(Cap analysis of Gene Expression)ライブラリー受託合成は、お客様からお預かりするtotal RNAサンプルからCAGEライブラリーを作製するサービスです。 ライブラリー作製とシークエンシング、データ解析のオプションを標準装備。総合的に研究開発をバックアップします。


CAGE-seqは、理化学研究所とダナフォームが共同開発した、他の発現解析技術とは異なる視点のトランスクリプトーム解析技術です。 CAGE-seqの際立った特徴は、転写物のプロモーターを正確にとらえて、これにもとづく発現プロファイルを取得できることです。


CAGE-seqは、RNAポリメラーゼⅡ産物のCap構造を捕捉するCap trapper法によりmRNAの5’末端の配列を決定し、マップする技術です。 CAGE法の中心原理となるCap trapper法と次世代シークエンス技術を組み合わせ、CAGE-seqを実現。RNAポリメラーゼⅡ産物のRNA先頭にあるCap構造を捕捉し、リファレンスゲノムへマップし、転写開始点クラスターを発現量として数値化します。ダナフォームでは、次世代シーケンサーを用いた「CAGE解析サービス」をご提供します。 Illumina社製シーケンサーを用いたシーケンシングにより、サンプルあたり1500万リード以上の解析結果が得られます。 CAGE解析で得られた発現プロファイルは、各種発現解析やゲノムアノテーション研究における強力なツールとなります。

CAGE-seqの主なアプリケーション

  • ゲノムワイドな遺伝子発現解析
  • プロモーター部位の予測
  • 定量的RNA発現プロファイル

CAGE-seqの特徴

  • ユニークなデータ:転写開始点を実験的に同定、プロモーター活性の数値化が可能。
  • 広い応用範囲:どの生物種でもトランスクリプトーム解析が可能。
  • 広いダイナミックレンジ:まれな転写物の検出も可能。

活用実績(一例)

  • 理研「FANTOMプロジェクト」
  • NIH 「ENCODEプロジェクト」
  • 文部科学省「遺伝子ネットワークプロジェクト」

CAGE-seq受託解析

仕様 保証内容 備考
解析に必要なTotal RNA量 5 μg Total RNAでご提出頂くことが望ましい。
RNA エントリーQC バイオアナライザーとNanoDropによるQC 全てのサンプルについてエントリーQCを実施します。
CAGE library量 数 ng(標準PCRフリーの時)
シーケンスプラットフォーム Illumina/Nextseq Illumina/Nextseq以外のシーケンサーでの解析は行いません。
シーケンス保証単位 15,000,000 reads/sample 新しいIllumina試薬キットを用います。
オプションシーケンス解析 リード数増しオプション可能 解析には別途料金が必要です。
データ解析 リファレンスゲノム(Fastq、GTF)の充実度に応じて解析データを算出します。
(図、ファイル)
ヒートマップ、相関係数、デンドログラム、樹形図、scatterplot、MA-plot、DEGによるプロット図など
シークエンス生データ Fastq 、リファレンスゲノムへのマッピング Bam、転写開始点クラスタリング、発現量カウント Count,CPM、比較解析、DEG、遺伝子オントロジー解析、転写因子結合モチーフ探索
  • 納期: 約2ヶ月
  • 報告内容: CAGEライブラリー作製に関する報告書(テーブル/テキストファイルにて納品)

関連製品

CAGE解析ができない微量サンプルには、ご了承の上、PCR増幅の追加が可能です。数100ngのtotal RNAからCAGEライブラリーを作製することが可能です。