CAGE-seq受託解析 : 製品概要
□ CAGEライブラリー
CAGE（Cap analysis of Gene Expression）ライブラリー受託合成は、お客様からお預かりするtotal RNAサンプルからCAGEライブラリーを作製するサービスです。 ライブラリー作製とシークエンシング、データ解析のオプションを標準装備。総合的に研究開発をバックアップします。
CAGE-seqは、理化学研究所とダナフォームが共同開発した、他の発現解析技術とは異なる視点のトランスクリプトーム解析技術です。 CAGE-seqの際立った特徴は、転写物のプロモーターを正確にとらえて、これにもとづく発現プロファイルを取得できることです。
CAGE-seqは、RNAポリメラーゼⅡ産物のCap構造を捕捉するCap trapper法によりmRNAの5’末端の配列を決定し、マップする技術です。 CAGE法の中心原理となるCap trapper法と次世代シークエンス技術を組み合わせ、CAGE-seqを実現。RNAポリメラーゼⅡ産物のRNA先頭にあるCap構造を捕捉し、リファレンスゲノムへマップし、転写開始点クラスターを発現量として数値化します。ダナフォームでは、次世代シーケンサーを用いた「CAGE解析サービス」をご提供します。 Illumina社製シーケンサーを用いたシーケンシングにより、サンプルあたり1500万リード以上の解析結果が得られます。 CAGE解析で得られた発現プロファイルは、各種発現解析やゲノムアノテーション研究における強力なツールとなります。
□CAGE-seqの主なアプリケーション
- □ゲノムワイドな遺伝子発現解析
- □プロモーター部位の予測
- □定量的RNA発現プロファイル
□CAGE-seqの特徴
- □ユニークなデータ：転写開始点を実験的に同定、プロモーター活性の数値化が可能。
- □広い応用範囲：どの生物種でもトランスクリプトーム解析が可能。
- □広いダイナミックレンジ：まれな転写物の検出も可能。
□活用実績（一例）
- □理研「FANTOMプロジェクト」
- □NIH 「ENCODEプロジェクト」
- □文部科学省「遺伝子ネットワークプロジェクト」
□CAGE-seq受託解析
| 仕様 | 保証内容 | 備考 |
|---|---|---|
| 解析に必要なTotal RNA量 | 5 μg | Total RNAでご提出頂くことが望ましい。 |
| RNA エントリーQC | バイオアナライザーとNanoDropによるQC | 全てのサンプルについてエントリーQCを実施します。 |
| CAGE library量 | 数 ng（標準PCRフリーの時） | |
| シーケンスプラットフォーム | Illumina/Nextseq | Illumina/Nextseq以外のシーケンサーでの解析は行いません。 |
| シーケンス保証単位 | 15,000,000 reads/sample | 新しいIllumina試薬キットを用います。 |
| オプションシーケンス解析 | リード数増しオプション可能 | 解析には別途料金が必要です。 |
| データ解析 | リファレンスゲノム（Fastq、GTF）の充実度に応じて解析データを算出します。 （図、ファイル） ヒートマップ、相関係数、デンドログラム、樹形図、scatterplot、MA-plot、DEGによるプロット図など |
シークエンス生データ Fastq 、リファレンスゲノムへのマッピング Bam、転写開始点クラスタリング、発現量カウント Count,CPM、比較解析、DEG、遺伝子オントロジー解析、転写因子結合モチーフ探索 |
- □納期: 約2ヶ月
- □報告内容: CAGEライブラリー作製に関する報告書（テーブル／テキストファイルにて納品）
□関連製品
CAGE解析ができない微量サンプルには、ご了承の上、PCR増幅の追加が可能です。数100ngのtotal RNAからCAGEライブラリーを作製することが可能です。