株式会社ダナフォーム


nanoCAGE/CAGEscanライブラリー : 技術情報

技術概要

nanoCAGE/CAGEscan法は、ダナフォームと理化学研究所(理研)が、遺伝子発現プロファイルやプロモーターを特定する手法として確立したCAGE (Cap Analysis of Gene Expression)法の発展として共同開発した技術です。

CAGE法について

遺伝子発現解析の手法は多くあり、それぞれに利点があります。 CAGE法と主な遺伝子発現解析の違いは、CAGE法がゲノムワイドに転写開始点を正確に同定できるという点にあります。


詳しくは、CAGEライブラリーの技術情報をご参照ください。

CAGEライブラリー技術情報

nanoCAGE法

nanoCAGE法」は、DNAの断片であるプライマー配列の工夫とcDNAの特異的な増幅法の導入によって、ナノグラムレベル(ng:1 ngは10-9グラム)のmRNAを解析して遺伝子の転写開始点を決定することができます。

CAGEscan法

CAGEscan法は、nanoCAGE法と同様に微量なmRNAを解析できる上に、mRNA鎖の5'末端と3'側の両方の配列を同時に解析することができます。そのため、5´末端が、自分自身やほかのmRNAの3´側の塩基配列に結合する様子を明らかにして、mRNA間の相互作用を理解することができるようになります。

他の発現解析技術との比較

遺伝子発現解析の手法は多くあり、それぞれに利点があります。 CAGE法と主な遺伝子発現解析の違いは、CAGE法がゲノムワイドに転写開始点を正確に同定できるという点にあります。

CAGE法では、プロモーター領域の詳細な解析ができるため、特定遺伝子の発現を、制御に関与したプロモーターごとに分けて解析することが可能となり、転写のシグナル伝達のカスケードを明らかにするなど、新しい視点に立ったゲノムアノテーションが可能になります。


主な遺伝子発現解析法の比較
CAGE RNA-seq SAGE マイクロアレイ
未知遺伝子を含むトランスクリプトーム解析 ×
定量性/ダイナミックレンジ
※PCR行程も無く、長さのバイアスも無い
プロモーター部位の同定 × ×
Transcription Factor Binding Motifの予測 ×
※5'末端はデータベース情報に依存
×
※5'末端はデータベース情報に依存
Bidirectional enhancer RNAの同定 × × ×
Alternative Exon1の同定 × ×
選択的スプライシングや
融合転写物など遺伝子の構造の同定
×
※Sequence depthによる
× ×
全工程にかかる解析所要期間
サンプル調整難易度 ×
※8日間の行程
データ解析ツール

nanoCAGE/CAGEscanライブラリーの作製

nanoCAGE/CAGEscanライブラリーの作製


論文

nanoCAGE/CAGEscan に関する論文


その他