Zebrafish Gene Collection
□ Zebrafish Gene Collection
Zebrafish Gene Collection (ZGC)は、NIH主導のプロジェクトで、Mammalian Gene Collectionのサブプロジェクトとして行われています。高品質のcDNAライブラリーを入手または作製し、5' 末端解析によるスクリーニング、完全なORFが含まれていると思われるクローンの同定が行われ、選ばれたクローンの全塩基配列が決定されました。本プロジェクトは、Zebrafishの完全長cDNAクローンのコンプリートセットを提供することを目的としています。
ZGCプロジェクトは以下の段階により進められています。
- □まず3ヶ月程度をかけ、様々なライブラリーから、クローンの5' 末端配列を集められます。
- □その後、多くの研究者による会議で、全長塩基配列を決定するクローンリストの検討が行われます。
- □これらの作業が3ヶ月ごとに繰り返し行われます。
- □加えて、完全長と推定されるクローンを有する研究者と共同で、それらのクローンの全長塩基配列決定を行います。
XGCクローンは下記ように整理されています。
- □I.M.A.G.E. ID(dbESTのESTファイルを参照する場合)
- □MGC ID(GenBankでインサートの全塩基配列を参照する場合)
□配列解析済み完全長XGCクローンのリアレイプレート一覧
プレートの頭文字 | 由来種 | ベクターの耐性 |
---|---|---|
IRBV | Zebrafish | Ampicillin |
IRBO | Zebrafish | Chloramphenicol |
Subsetに含まれているクローンは、使われているベクターによってプレートが分かれています。 そのため、同じプレートにあるクローンには全て同じベクター(IRBH, IRBG, IRBN)が使われています。 ベクターの詳細についてはI.M.A.G.E.ベクター情報一覧をご覧下さい。
The I.M.A.G.E. Consortiumのホームページで公開されているquery toolでは、MGCクローンに関する、 『IMAGE ID, MGC_ID, species, vector, rearray clone location, Genbank Accession number, Unigene Cluster Number, GenBank definition line, gene symbol』等の最新情報が公開されています。
目的のクローンのIMAGE IDを調べる場合はI.M.A.G.E. IDの検索方法をご参考下さい。
最近、リアレイしたライブラリーのシークエンス解析がThe I.M.A.G.E. Consortiumで行われ、QC統計データが作成されました。
これら3つのSubsetに含まれるクローンは個別クローン単位(寒天培地に植菌)、または96wellプレート単位(大腸菌グリセロールストック)でのご注文も可能です。
クローンはI.M.A.G.E.クローンと同様、I.M.A.G.E. IDでご注文ください。XGC Subsetに含まれるクローンの一部を注文された場合、 プレート(IRBH, IRBG, IRBN)からクローンを植菌してお渡ししております。もしご注文のクローンにXGC_IDが割り振られているにもかかわらず、 まだSource BioScience社でSubsetプレートとして受け取りを完了していない場合は、Source BioScienceで保管しているI.M.A.G.E. Collectionから同じクローンを植菌し、出荷致します。
現在お求めいただける全XGC Subsetの一覧はZebrafish Gene Collection一覧一覧でご確認いただけます。