FANTOM™クローン : 技術情報

□ベクター情報一覧

FANTOM™クローンセットは完全長配列クローンをリアレイする際に、ライブラリーの作製に用いたベクターおよびプライマーによってグループ分けが行われています。そのため、FANTOM™個別クローンのベクター情報は、そのクローンのPlate setより分かるようになっています。ベクター情報詳細は、下記テーブルのVector Mapからご確認いただけます。

Plate set	host	ベクター名	Vector Map	1st-primer*1	2nd-primer*2	g-tail	poly-A
FK	DH10B	お問い合わせください	お問い合わせください	1st-BS	2nd-linker	-	+
FL	DH10B	pFLCII	PDF テキスト	1st-BG(short Poly-A)	2nd-linker	-	short
FS	DH10B	pFLCIII	PDF テキスト	1st-BG Tag *3	2nd-linker	-	+
FT	DH10B	pFLCIII	PDF テキスト	1st-BG Tag *3	2nd-hairpin-linker	-	+
FU	DH10B	pFLCIII	PDF テキスト	1st-BS	2nd-NX/X	+	+
FV	DH10B	pFLCIII	PDF テキスト	1st-BG Tag *3	2nd-NX/X	+	+
FW	DH10B	pFLCIII	PDF	1st-BG Tag *3	2nd-linker	-	+
FX	DH10B	お問い合わせください	お問い合わせください	1st-BS	2nd-NX/X	+	+
FY	JW366	pBAC	PDF	1st-BG Tag *3	2nd-linker	-	+
PH	DH10B	pFLCI	PDF テキスト	1st-BG Tag *3	2nd-hairpin-linker	-	+
PI	DH10B	pFLCI	PDF テキスト	1st-BG Tag *3	2nd-linker	-	+
PK	DH10B	pFLCI	PDF テキスト	1st-BS	2nd-linker	-	+
PL	DH10B	pFLCI	PDF テキスト	1st-BG Tag *3	2nd-linker	-	+
PM	DH10B	pFLCI	PDF テキスト	1st-BG(short Poly-A)	2nd-linker	-	+
PN	DH10B	pFLCI	PDF テキスト	1st-BG	2nd-linker	-	+
PR	DH10B	pFLCI	PDF テキスト	1st-BG	2nd-linker	-	+
PS	DH10B	pFLCI	PDF テキスト	1st-BG(short Poly-A)	2nd-linker	-	short
PT	DH10B	pFLCI	PDF テキスト	1st-BG Tag *3	2nd-linker	-	+
PX	DH10B4 DH5a4	pFLCI	PDF テキスト	1st-BS	2nd-NX/X	+	+
PY	DH10B	pFLCI	PDF テキスト	1st-BS	2nd-NX/X	+	+
PZ	DH5a	pFLCI	PDF テキスト	1st-BS	2nd-NX/X	+	+
ZA	SOLR	modified pBluescript SK(+)/modified Bluescript1	PDF テキスト	1st-NX	2nd-AT	+	+
ZX	SOLR	modified pBluescript SK(+)/modified Bluescript1	PDF テキスト	1st-BS	2nd-NX/X	+	+

*1: 1st-primer: 1st-primer for cDNA construction.
*2: 2nd-primer: 2nd-primer for cDNA construction.
*3: 1st-primerに1st-BG Tagと記載されているシリーズは1st-BSのSstIサイトの配列が異なります。詳しくは下記の1st-BG tag (for mixed library)をご覧ください。
*4: Plate setがPX、Plateが635, 1008, 1023のクローンは、hostがDH5aとなります。それ以外のプレートのクローンのhostはDH10Bです。Plateの番号はDNAFORM Clone Search Engineにてお調べ頂けます。

□出荷と保存

□FANTOM™個別クローン（スラント）

スラント上での大腸菌培養物として、常温でお送りしています。スラントは受領後4°Cにて一週間は保存可能ですが、速やかに適切な抗生物質を含むLB培地に移植されることを推奨致します。
FANTOM™個別クローンの抗生物質はAmpicilinです。詳しくはクローンに添付されるDatasheetをご覧ください。
スラントでご注文の場合、出荷時に配列の確認は行っておりません。
納期:ご注文確定後1週間〜2週間を要します。

蓋の色	抗生物質	組成
Red	Ampicillin	100 μg/ml

□FANTOM™個別クローン（Sequence-verified and/or プラスミドDNA）

ご要望に応じて、乾燥プラスミドDNA 10 μg での納品（オプション費用；6,000円／クローン）、cDNAの末端側one-passシーケンスによるID確認後の発送（オプション費用；10,000円／クローン）も承っております。
プラスミドDNAは-20°Cにて長時間保存することができます。
納期:ご注文確定の2~3週間後（最短７営業日）

□1st-BG tag (for mixed library)

name	site	sequence	length
1st-BG tag	BamHI, (SstI(NNNNNN=GAGCTC))	5'-GAGAGAGAGAAGGATCCAA (NNNNNN)TTTTTTTTTTTTTTTTVN-3'	43mer

Notes: V=A,G,C N=A,G,C,T

□Plate setについて

Plate setはダナフォームのクローン検索エンジンの、クローン検索結果画面でご確認いただけます。

→DNAFORM Clone Search Engine

□FANTOM™情報リンク

FANTOMプロジェクトおよびクローンについての詳細な情報は理研の下記サイトをご確認ください。

→FANTOM3: FUNCTIONAL ANNOTATION OF MOUSE-3

個別クローンのストックの情報については理研の下記サイトの「Clone Search」をご確認ください。

→理研>FANTOM3 clone set information

□参考文献

□理研FANTOMプロジェクト

□基本技術

P. Carninci et al, Targeting a complex transcriptome: the construction of the mouse full-length cDNA encyclopedia. Genome Res., 13, 1273-1289 (2003)