Mammalian Gene Collectionプロジェクト
Mammalian Gene Collection (MGC)は NIH 主導のプロジェクトです。このプロジェクトは、 ヒト、ラット、マウス、ウシの完全長cDNAクローンのコンプリートセットを提供することを目的としています。
MGCプロジェクトは以下の様に進められます。
- 完全長cDNAのライブラリーを作製します。
- 全てのライブラリーからそれぞれ768クローンの5’と3’末端のシークエンス解析をし、ライブラリーの評価を行います。
- ライブラリーの評価に従い、10,000縲鰀30,000クローンの5’末端シークエンス解析を行います。これらのクローンにはI.M.A.G.E. IDが与えられ、I.M.A.G.E.リソースとなります。
- N末端をコードしていると考えられるクローンを特定するために、いくつかの法則に従い5’のシークエンス解析を行います。特定したクローンはLLNLのI.M.A.G.E. Consortiumが384wellプレートにリアレイします。I.M.A.G.E. web siteではこれらのプレートの頭文字にIRAKやIRAL、IRAMと表記しており、クローン毎にそれぞれ固有のI.M.A.G.E. IDを割り振っています。
- 全ORFを含んでいると確認されたクローンにのみ、I.M.A.G.E. IDに加えて固有のMGC ID(例:MGC_15287またはMGC:15287)が割り振られます。これらの塩基配列はGenBankに登録されています。
- MGC IDをつけられているクローンを96wellプレートに移します。
MGCクローンは以下の様に整理されています。
- I.M.A.G.E. ID(dbESTのESTファイルを参照する場合)
- MGC ID(GenBankでインサートの全塩基配列を参照する場合)
配列解析済み完全長MGCクローンのリアレイプレート一覧
| プレートの頭文字 |
由来種 |
ベクターの耐性 |
プレート番号 |
|
IRAT |
Human |
Ampicillin 50μg/ml |
1-89, 93-137 | |
IRAU |
Human |
Chloramphenicol 27μg/ml |
1-114 | |
IRCM |
Human |
Kanamycin 30μg/ml |
1-25, 27-39 | |
IRAV |
Mouse |
Ampicillin 50μg/ml |
1-84, 87-136, 139-152, 155-168 | |
IRAW |
Mouse |
Chloramphenicol 27μg/ml |
1-9 | |
IRCL |
Mouse |
Kanamycin 30μg/ml |
1 | |
IRBP |
Rat |
Ampicillin 50μg/ml |
1-53 | |
IRBQ |
Rat |
Chloramphenicol 27μg/ml |
1-3 | |
IRCJ |
Cow |
Ampicillin 50μg/ml |
1-39 |
> MGCクローン:ベクター情報
I.M.A.G.E. Consortiumにより作成されたQC統計データはこちらでご確認頂けます。
> http://image.hudsonalpha.org/qc/html/QCoverall.shtml
Subsetに含まれるクローンは個別クローン単位(寒天培地に植菌)、または96wellプレート単位(大腸菌グリセロールストック)でのご注文も可能です。
クローンはI.M.A.G.E.クローンと同様、I.M.A.G.E. IDでご注文ください。MGC Subsetに含まれるクローンの一部を注文された場合、プレートからクローンを植菌してお渡ししております。もしご注文のクローンにMGC IDが割り振られているにもかかわらず、まだSource BioScience社でSubsetプレートとして受け取りを完了していない場合は、Source BioScienceで保管しているI.M.A.G.E. Collectionから同じクローンを植菌し、出荷致します。
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