仕様 | 保証内容 | 備考 |
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技術： |
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解析に必要なTotal RNA量 | 50 μｇ | Total RNAでご提出頂くことが望ましい。 |
RNA エントリーQC | アガロースゲル/バイオアナライザーを用いて実施致します。 | 全てのサンプルについてエントリーQCを実施します。 |
提供CAGE library | 200 ng | ゲル精製したDNA断片を作製します。 |
シーケンスプラットフォーム | Illumina/Solexa | SOLiD等の高速シーケンサーを用いた解析も将来予定していますが、現時点では、Illumina/Solexa以外のシーケンサーでの解析は行いません。 |
シーケンス保証単位 | 4,000,000 reads/channel | 新しいIllumina試薬キットを用います。 |
オプションシーケンス解析 | 解析当りのチャンネル数になります。 | 標準解析は、１サンプル/１チャンネルで行います。追加チャンネルでの解析には別途料金が必要です。 |
データ解析 | タグシーケンスの抽出→ゲノム上にマップ→ゲノムの位置とウインドウサイズに基づくタグのクラスター化を行います。 | これは、標準的解析方法です。クラスタリング結果は、ウインドウサイズによって異なってきます。異なるオプションも可能です。 |
マッピングレイト | 約50％のタグを単一マッピングポジションにマップします。 | １解析につき、少なくとも有用な100万CAGEタグをご提供します。 |
シーケンスデータ | Illuminaファイルでご提供します。 | 区切られたテキストファイルにはシーケンス情報と品質スコアを含みます。 |
データ解析 | マッピング位置をご提供いたします。 | テーブル/フラットファイル：ローリード数、抽出タグ数、マップされたタグ数などのデータを含んでいます。 |
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納期 | 約2ヶ月 |
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報告内容 | CAGEライブラリー作製に関する報告書 |
| フラットテキストファイルを参照 |
CAGEに関するご質問、サービスについては、DNA@dnaform.jpまでお問合せ下さい。
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