株式会社ダナフォーム


nanoCAGE/CAGEscanライブラリー : 製品概要

nanoCAGEライブラリー

nanoCAGE/CAGEscanライブラリー受託合成は、お客様からお預かりするtotal RNAサンプルからnanoCAGE/CAGEscanライブラリーを作製するサービスです。 従来のCAGE(Cap Analysis of Gene Expression)法では、対応できなかった微量サンプルからライブラリーを作製し、転写開始点の同定と遺伝子発現の解析を大規模に解析することが可能になりました。ダナフォームでは、シークエンス解析やデータ解析のオプションも合わせて総合的に研究開発をバックアップします。


nanoCAGE/CAGEscan法は、理化学研究所と共同開発したCAGE法を改良し、微量サンプルからのライブラリー作製を可能にした遺伝子発現解析法です。 nanoCAGE/CAGEscan法の際立った特徴は、CAGE法と同様に、転写物のプロモーターを正確にとらえて、これにもとづく発現プロファイルを取得できることです。


nanoCAGE/CAGEscan法は、mRNAの5’末端から切り出した短いタグの配列を決定し、マップすることにより、タグ配列の頻度を数値化するものです。 ダナフォームでは、次世代シーケンサーを用いた「CAGE解析サービス」をご提供します。 Illumina社製シーケンサーの1チャンネルを用いたシーケンス解析により、サンプルあたり400万リード以上の解析結果が得られます。 CAGE解析で得られた発現プロファイルは、各種発現解析やゲノムアノテーション研究における強力なツールとなります。


nanoCAGE法は解析のターゲットとなるRNA量が微量であっても遺伝子発現解析ができるため、神経系の細胞の解析や、がん細胞の解析にも適用できます。

nanoCAGE/CAGEscan法の主なアプリケーション

  • 少量サンプルのゲノムワイドな遺伝子発現解析
  • プロモーター部位の予測
  • 半定量的mRNA発現プロファイル

nanoCAGE/CAGEscan法の特徴

  • 少量サンプルに対応:必要なtotal RNAはナノグラム単位。
  • 新たなデータ:3'側も同時に解析が可能。
  • ユニークなデータ:転写開始点を実験的に同定、プロモーター活性の数値化が可能。
  • 広い応用範囲:どの生物種でもトランスクリプトーム解析が可能。
  • 広いダイナミックレンジ:まれな転写物の検出も可能。

CAGE法とnanoCAGE/CAGEscan法の選び方

方法 利点 欠点
CAGE PCRによるバイアスのない正確な発現解析が可能。 解析に必要なtotal RNA:5 μg
nanoCAGE/CAGEscan
  • 解析に必要なtotal RNA:500 ng。
  • 3'側も同時に解析が可能。
ライブラリ作製の行程でPCRのステップが含まれる。

nanoCAGEライブラリー受託合成

仕様 保証内容 備考
技術:
解析に必要なTotal RNA量 500 ng Total RNAでご提出頂くことが望ましい。
RNA エントリーQC アガロースゲル/バイオアナライザーを用いて実施致します。 全てのサンプルについてエントリーQCを実施します。
提供CAGE library 数 ng ゲル精製したDNA断片を作製します。
シーケンスプラットフォーム Illumina SOLiD等の高速シーケンサーを用いた解析も将来予定していますが、現時点では、Illumina/Solexa以外のシーケンサーでの解析は行いません。
シーケンス保証単位 4,000,000 reads/channell 新しいIllumina試薬キットを用います。
オプションシーケンス解析 解析当りのチャンネル数になります。 標準解析は、1サンプル/1チャンネルで行います。追加チャンネルでの解析には別途料金が必要です。
データ解析 タグシーケンスの抽出→ゲノム上にマップ→ゲノムの位置とウインドウサイズに基づくタグのクラスター化を行います。 これは、標準的解析方法です。クラスタリング結果は、ウインドウサイズによって異なってきます。異なるオプションも可能です。
マッピングレイト 約50%のタグを単一マッピングポジションにマップします。 1解析につき、少なくとも有用な100万CAGEタグをご提供します。
シーケンスデータ Illuminaファイルでご提供します。 区切られたテキストファイルにはシーケンス情報と品質スコアを含みます。
データ解析 マッピング位置をご提供いたします。 テーブル/フラットファイル:ローリード数、抽出タグ数、マップされたタグ数などのデータを含んでいます。
 
納期 約2ヶ月
 
報告内容 CAGEライブラリー作製に関する報告書
  フラットテキストファイルを参照