株式会社ダナフォーム


CAGEキット : 製品概要

CAGEキット

CAGEキットは、CAGE(Cap Analysis of Gene Expression)法を手軽に研究開発に導入していただけるよう、CAGEライブラリー調製に必要な試薬とプロトコルをセットにした製品です。


CAGE法は、理化学研究所(理研)とダナフォームが共同開発した、他の発現解析技術とは異なる視点のトランスクリプトーム解析技術です。 CAGE法は、mRNAの5'末端から切り出した短いタグの配列を決定し、マップすることにより、タグ配列の頻度を数値化するものです。CAGE法の際立った特徴は、転写物のプロモーターを正確にとらえて、これにもとづく発現プロファイルを取得できることです。


Illumina社製シーケンサーの1チャンネルを用いたシーケンス解析により、サンプルあたり400万リード以上の解析結果が得られます。 このDeepCAGE解析で得られた発現プロファイルは、各種発現解析やゲノムアノテーション研究における強力なツールとなります。

CAGE法の主なアプリケーション

  • ゲノムワイドな遺伝子発現解析
  • プロモーター部位の予測
  • 定量的mRNA発現プロファイル

CAGE法の特徴

  • ユニークなデータ:転写開始点を実験的に同定、プロモーター活性の数値化が可能。
  • 広い応用範囲:どの生物種でもトランスクリプトーム解析が可能。
  • 広いダイナミックレンジ:まれな転写物の検出も可能。

活用実績(一例)

  • 理研「FANTOMプロジェクト」
  • NIH 「ENCODEプロジェクト」
  • 文部科学省「遺伝子ネットワークプロジェクト」

製品仕様

  • Cap-Trapper法により5'capをキャプチャーと同時にrRNAを除去します。
  • ランダムプライミングによりmRNAに加えてnon-coding RNAもカバーします。
  • バーコードを使用することで、マルチプレックスシーケンス解析に対応できます。
  • 作製したライブラリーはIllumina社製次世代シークエンサーで解析が可能です。
  • 本キットには逆転写酵素が含まれておりません。


データ解析には国立遺伝学研究所にて提供しておりますNGSデータ解析プラットフォームが利用可能です。

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