CAGEキット : 製品概要
□ CAGEキット
CAGEキットは、CAGE(Cap Analysis of Gene Expression)法を手軽に研究開発に導入していただけるよう、CAGEライブラリー調製に必要な試薬とプロトコルをセットにした製品です。
CAGE法は、理化学研究所(理研)とダナフォームが共同開発した、他の発現解析技術とは異なる視点のトランスクリプトーム解析技術です。 CAGE法は、mRNAの5'末端から切り出した短いタグの配列を決定し、マップすることにより、タグ配列の頻度を数値化するものです。CAGE法の際立った特徴は、転写物のプロモーターを正確にとらえて、これにもとづく発現プロファイルを取得できることです。
Illumina社製シーケンサーの1チャンネルを用いたシーケンス解析により、サンプルあたり400万リード以上の解析結果が得られます。 このDeepCAGE解析で得られた発現プロファイルは、各種発現解析やゲノムアノテーション研究における強力なツールとなります。
□CAGE法の主なアプリケーション
- □ゲノムワイドな遺伝子発現解析
- □プロモーター部位の予測
- □定量的mRNA発現プロファイル
□CAGE法の特徴
- □ユニークなデータ:転写開始点を実験的に同定、プロモーター活性の数値化が可能。
- □広い応用範囲:どの生物種でもトランスクリプトーム解析が可能。
- □広いダイナミックレンジ:まれな転写物の検出も可能。
□活用実績(一例)
- □理研「FANTOMプロジェクト」
- □NIH 「ENCODEプロジェクト」
- □文部科学省「遺伝子ネットワークプロジェクト」
□ 製品仕様
- □Cap-Trapper法により5'capをキャプチャーと同時にrRNAを除去します。
- □ランダムプライミングによりmRNAに加えてnon-coding RNAもカバーします。
- □バーコードを使用することで、マルチプレックスシーケンス解析に対応できます。
- □作製したライブラリーはIllumina社製次世代シークエンサーで解析が可能です。
- □本キットには逆転写酵素が含まれておりません。
データ解析には国立遺伝学研究所にて提供しておりますNGSデータ解析プラットフォームが利用可能です。