FANTOM™クローン : 技術情報
□ベクター情報一覧
FANTOM™クローンセットは完全長配列クローンをリアレイする際に、ライブラリーの作製に用いたベクターおよびプライマーによって グループ分けが行われています。 そのため、FANTOM™個別クローンのベクター情報は、そのクローンのPlate setより分かるようになっています。ベクター情報詳細は、下記テーブルのVector Mapからご確認いただけます。
Plate set | host | ベクター名 | Vector Map | 1st-primer*1 | 2nd-primer*2 | g-tail | poly-A |
---|---|---|---|---|---|---|---|
FK | DH10B | お問い合わせください | お問い合わせください | 1st-BS | 2nd-linker | - | + |
FL | DH10B | pFLCII | PDF テキスト |
1st-BG(short Poly-A) | 2nd-linker | - | short |
FS | DH10B | pFLCIII | PDF テキスト |
1st-BG Tag *3 | 2nd-linker | - | + |
FT | DH10B | pFLCIII | PDF テキスト |
1st-BG Tag *3 | 2nd-hairpin-linker | - | + |
FU | DH10B | pFLCIII | PDF テキスト |
1st-BS | 2nd-NX/X | + | + |
FV | DH10B | pFLCIII | PDF テキスト |
1st-BG Tag *3 | 2nd-NX/X | + | + |
FW | DH10B | pFLCIII | 1st-BG Tag *3 | 2nd-linker | - | + | |
FX | DH10B | お問い合わせください | お問い合わせください | 1st-BS | 2nd-NX/X | + | + |
FY | JW366 | pBAC | 1st-BG Tag *3 | 2nd-linker | - | + | |
PH | DH10B | pFLCI | PDF テキスト |
1st-BG Tag *3 | 2nd-hairpin-linker | - | + |
PI | DH10B | pFLCI | PDF テキスト |
1st-BG Tag *3 | 2nd-linker | - | + |
PK | DH10B | pFLCI | PDF テキスト |
1st-BS | 2nd-linker | - | + |
PL | DH10B | pFLCI | PDF テキスト |
1st-BG Tag *3 | 2nd-linker | - | + |
PM | DH10B | pFLCI | PDF テキスト |
1st-BG(short Poly-A) | 2nd-linker | - | + |
PN | DH10B | pFLCI | PDF テキスト |
1st-BG | 2nd-linker | - | + |
PR | DH10B | pFLCI | PDF テキスト |
1st-BG | 2nd-linker | - | + |
PS | DH10B | pFLCI | PDF テキスト |
1st-BG(short Poly-A) | 2nd-linker | - | short |
PT | DH10B | pFLCI | PDF テキスト |
1st-BG Tag *3 | 2nd-linker | - | + |
PX | DH10B*4 DH5a*4 |
pFLCI | PDF テキスト |
1st-BS | 2nd-NX/X | + | + |
PY | DH10B | pFLCI | PDF テキスト |
1st-BS | 2nd-NX/X | + | + |
PZ | DH5a | pFLCI | PDF テキスト |
1st-BS | 2nd-NX/X | + | + |
ZA | SOLR | modified pBluescript SK(+)/modified Bluescript1 | PDF テキスト |
1st-NX | 2nd-AT | + | + |
ZX | SOLR | modified pBluescript SK(+)/modified Bluescript1 | PDF テキスト |
1st-BS | 2nd-NX/X | + | + |
- *1: 1st-primer: 1st-primer for cDNA construction.
- *2: 2nd-primer: 2nd-primer for cDNA construction.
- *3: 1st-primerに1st-BG Tagと記載されているシリーズは1st-BSのSstIサイトの配列が異なります。詳しくは下記の1st-BG tag (for mixed library)をご覧ください。
- *4: Plate setがPX、Plateが635, 1008, 1023のクローンは、hostがDH5aとなります。それ以外のプレートのクローンのhostはDH10Bです。Plateの番号はDNAFORM Clone Search Engineにてお調べ頂けます。
□出荷と保存
□FANTOM™個別クローン(スラント)
- スラント上での大腸菌培養物として、常温でお送りしています。スラントは受領後4°Cにて一週間は保存可能ですが、速やかに適切な抗生物質を含むLB培地に移植されることを推奨致します。
- FANTOM™個別クローンの抗生物質はAmpicilinです。詳しくはクローンに添付されるDatasheetをご覧ください。
- スラントでご注文の場合、出荷時に配列の確認は行っておりません。
- 納期:ご注文確定後1週間〜2週間を要します。
蓋の色 | 抗生物質 | 組成 |
---|---|---|
Red | Ampicillin | 100 μg/ml |
□FANTOM™個別クローン(Sequence-verified and/or プラスミドDNA)
- ご要望に応じて、乾燥プラスミドDNA 10 μg での納品(オプション費用;6,000円/クローン)、cDNAの末端側one-passシーケンスによるID確認後の発送(オプション費用;10,000円/クローン)も承っております。
- プラスミドDNAは-20°Cにて長時間保存することができます。
- 納期:ご注文確定の2~3週間後(最短7営業日)
□1st-BG tag (for mixed library)
name | site | sequence | length |
---|---|---|---|
1st-BG tag | BamHI, (SstI(NNNNNN=GAGCTC)) |
5'-GAGAGAGAGAAGGATCCAA (NNNNNN)TTTTTTTTTTTTTTTTVN-3' |
43mer |
Notes: V=A,G,C N=A,G,C,T
□Plate setについて
Plate setはダナフォームのクローン検索エンジンの、クローン検索結果画面でご確認いただけます。
□FANTOM™情報リンク
FANTOMプロジェクトおよびクローンについての詳細な情報は理研の下記サイトをご確認ください。
→FANTOM3: FUNCTIONAL ANNOTATION OF MOUSE-3
個別クローンのストックの情報については理研の下記サイトの「Clone Search」をご確認ください。
□参考文献
□理研FANTOMプロジェクト
- J. Kawai, et al, Functional annotation of a full-length mouse cDNA collection. Nature, 409, 685-690 (2001)
- Y. Okazaki et al, Analysis of the mouse transcriptome based on functional annotation of 60,770 full-length cDNAs. Nature, 420, 563-573 (2002)
- FANTOM Consortium, The transcriptional landscape of the mammalian genome. Science, 309, 1559-1563 (2005)